УФСИН России по г. Москве структурно включает в себя:
- аппарат управления, в составе которого находится отдел специального назначения;
- 8 следственных изоляторов;
- 1 колонию-поселение;
- Управление по конвоированию;
- Уголовно-исполнительную инспекцию с 27 филиалами;
- Управление по охране ГНЦ им. В.П. Сербского;
- Центр инженерно-технического обеспечения и вооружения;
- Медико-санитарную часть;
- Базу материально-технического и военного снабжения.
Лимит наполнения следственных изоляторов на 1 января 2021 года составил 8999 человек (АППГ – 8657), численность лиц, содержавшихся в них составила 8809 человек.
Общая штатная численность аттестованного состава УФСИН России по г. Москве по состоянию на 1 января 2021 года составила 4038 единиц, (АППГ – 3965).