В структуру УФСИН России по г. Москве входят следующие отделы и службы:
- группа организационно-штатной работы
- группа по соблюдению прав человека в УИС
- экспертная группа по вопросам безопасности
- отдел собственной безопасности
- контрольно-ревизионная группа
- регионально - аналитическая группа
- организационно-аналитический отдел
- секретариат
- юридическая служба
- служба по защите государственной тайны
- пресс-служба
- группа по организации мобилизационной подготовки и гражданской обороны
- ветеринарная служба
- оперативное управление
- отдел режима и надзора
- отдел специального учета
- отдел специального назначения
- отдел организации исполнения наказаний, не связанных с изоляцией осужденных от общества
- группа исполнительной и постпенитенциарной пробации
- отдел организации службы охраны
- отделение инженерно-технического обеспечения, связи, информатизации и вооружения
- отдел кадров
- отдел воспитательной и социальной работы с личным составом
- инспекция по личному составу и профилактике коррупционных правонарушений
- отделение воспитательной и социальной работы с осужденными
- психологическая служба
- главная бухгалтерия
- финансово-экономический отдел
- отдел пенсионного обеспечения
- отдел тылового обеспечения
- отдел капитального строительства и ремонта
- группа трудовой адаптации осужденных
- группа по обеспечению энергетическими ресурсами
- инспекция по охране окружающей среды и технике безопасности