В структуру УФСИН России по г. Москве входят следующие отделы и службы:
- отдел собственной безопасности
- контрольно-ревизионная группа
-организационно-аналитический отдел
-секретариат
- юридическая служба
-служба по защите государственной тайны
- пресс-служба
-группа по соблюдению прав человека в УИС
- группа по организации мобилизационной подготовки и гражданской обороны
- ветеринарная служба
- оперативное управление
- отдел режима и надзора
- отделение специального учета
- инспекция ведомственной пожарной охраны
- отдел специального назначения
- отдел по контролю за исполнением наказаний, не связанных с изоляцией от общества
- отдел организации службы охраны
- кинологическая служба
- группа организации действий при возникновении ЧО
- отделение инженерно-технического обеспечения, связи, информатизации и вооружения
-отдел кадров
- отделение воспитательной и социальной работы с личным составом
- инспекция по личному составу и противодействию коррупции
- отделение воспитательной и социальной работы с осужденными
-психологическая служба
- главная бухгалтерия
-финансово-экономический отдел
-группа организации оплаты труда
-отдел пенсионного обеспечения
- отдел тылового обеспечения
-группа транспортного обеспечения и горюче-смазочных материалов
-группа государственного оборонного заказа и государственных закупок
- отдел капитального строительства и ремонта
- группа трудовой адаптации осужденных
- инспекция по охране окружающей среды и технике безопасности
- главный инженер